児童礼拝はチャプレン（学校付きの牧師）や系列の牧師先生がお話をしてくださいます。
本校の道徳教育は聖書を通して行います。

礼拝後は２学年ずつに分かれて、聞いたお話をふり返ったり讃美歌を歌ったり、お祈りをする時間があります。
この時間は２学年の仲を深める大切な時間にもなっています。

沖縄三育小学校は、「少人数制」で「コミュニケーション力」と「思いやりの心をもった」「国際人」を育てる、沖縄県・中南部の教師全員がクリスチャンの私立小学校です。